Ameliyat sırasında nakledilen böbrek kasığın hemen üzerine, sağ veya sol tarafa yerleştirilir. Bu böbreğin atardamarı karın alt kısmında bulunan ve bacağa kan götüren büyük bir atardamara, toplardamarı da yine bu kısımda bulunan ve bacaktan gelen kanı taşıyan büyük bir toplardamara dikilir. İdrar yolu mesaneye ağızlaştırılır. Uygun şartlarda bu ameliyat ortalama 2-4 saat sürmektedir.

Her ameliyatın riskleri olabileceği gibi böbrek nakli ameliyatının da riskleri vardır. Fakat gelişen teknoloji ve teknikler ile bu riskler azalmakta olup ciddi bir komplikasyon görülme oranı %1-2 civarındadır.

Böbrek naklinde herhangi bir tıbbi zorunluluk olmadığı müddetçe alıcının kendi böbrekleri çıkarılmaz. Ancak şu durumlarda hastanın kendi böbreğinin çıkarılması gerekebilir:

• Kontrol edilemeyen tansiyon yüksekliği (renal arter stenozuna bağlı)
• Böbreklerde tedaviye dirençli enfeksiyon ve abse olması
• İleri derecede vezikoüreteral reflü (idrarın mesaneden böbreğe doğru geriye taşması)
• Böbrekte büyük kistlerin varlığı (polikistik böbrek hastalığı)

Bu ameliyat organ nakli ekibi tarafından planlanır ve nakil öncesinde veya eşzamanlı uygulanır. Ameliyattan sonra hastanede kalma süresi, her şeyin normal geliştiği koşullarda, ortalama 1 hafta kadardır. Bu süre iyileşme sürecine göre daha uzun olabilir.